万曆四十六年(一六一八)，大师七十三岁。这年开始在五乳峰造佛殿和禅堂。大师为了追效庐山慧远大师六时念佛的芳规，又嘱咐弟子在佛殿中精造西方三圣像。
次年，殿宇修成后，大师在正月开始讽诵《华严经》，在此期间并为大众讲解了《法华通议》。到了夏季，大师又为大众讲解《愣严经》、《大乘起信论》、《金刚经》、《圆觉经》、《唯识论》等。八月十五日;讲经法会圆满后，大师闭关静修，谢绝一切外缘。在静室中，大师以刻香代漏，六时念佛，专意淨土。
不久，大师又考虑到华严一宗将要失传，因为清凉疏钞文广义繁，学者心志不及，大多不敢深入。于是大师但取疏中大旨，落笔写《华严纲要》，对华严宗的復兴起了一定的作用。
万曆四十八年(泰昌改元)，大师七十五岁。这年春季，侍者广益请大师着述《圆觉经直解》、《起信论直解》及《庄子内七篇注》。
夏天，大师足生疾病，行走不便。秋天，许多居士上山问道，大师在病中对他们开示佛法，又作了列代祖师传记七十多首，每首都附上赞文流通于世。
大师自离曹溪到庐山已有八年时间，那些住在曹溪的弟子们日夜思念着大师。他们常派代表去庐山问讯，想请大师回曹溪，但大师不同意即刻前往。后又有许多曹溪的居士们前来请大师，大师都以有病为由，婉言谢绝了他们的诚意。
次年夏天，弟子众请大师讲解《愣严笔记》。十月，大师弟子孝廉刘起相等再请大师去曹溪，大师又以病为由谢绝了。
天启二年(一六二二)大师七十七岁。这年大师写成《华严纲要》。又为大众讲解《愣严经》、《圆觉经》、《大乘起信论》、《肇论》。这时，曹溪吴郡守、韶阳太守等许多弟子，第三次又请大师去曹溪，大师情不获已，决定去一趟。这年冬天，大师出庐山、度彭湖，在腊月初八登上岭南，十五日入曹溪。这时大师在大众的请求下即开始写年谱。
天启三年(一六二三)，大师七十八岁。春天，韶阳太守等居土入山请大师说法，五羊法性等弟子也来到曹溪。大师虽已年迈，但菩萨悲心，法施无厌，在禅堂裡先对大众说大戒，次说《起信论》、《唯识论》、《愣严经》。
八月，大师遣侍者去感谢吴郡守的护法诚心，持者将行时，大师嘱咐说：「佛祖弘法，贵在时节因缘，缘与时违，化将焉托?一期事毕，吾将归矣!」大众听了都觉罔然，还以为大师想归庐山了。
重阳节，大师替侍者深光书写的山居诗跋中说：「老人虽慵于笔砚，恐一息不来，又作来生欠耳。若以诗字观之，则孤思多矣!」
十月初一，弟子通炯从庐山来拜见大师，大师遍问了五乳的常住大众以及山中诸刹的耆旧，心裏非常高兴。这时弟子淨泰请大师作「自赞」一首，叙述生平大意。
十月初三，少宰萧玄圃入山访大师。大师与他交谈了三昼夜，少宰问大师求法要，大师随手写了二则法语、三首诗赠给他。
初六，少宰出山，大师嘱咐他说：「你是社稷苍生的仰望，前途珍重!」少宰与大师相约再晤之期，大师说：「山僧老了，四大将离，你我再晤的时候当在龙华会上了!」
初八，大师示现微疾，弟子大众都来问候，大师对他们说：「老人劳倦了，不是生病!」
初九，弟子送药给大师，大师说：「我就要去了，药物对我有什麽用!」侍者广益听了，大惊失色地说：「和尚脱苦不讳，有何咐嘱?」大师听了斥责道：「你持老人多年，如何作这等见解?」又对大众说：「你们当念生死事大，无常迅速，切实念佛!」广益又问：「和尚不示一言，何以道遵行?」大师说：「金口所宣，当成故纸，我言何用!」于是不留一字。
十月十二日，正是大师的生辰。这天缁素弟子云集曹溪，韶阳太守入山送给大师紫谱罗禅衣，为大师祝寿。两人相对坐谈了一日，晚上，太守出去后。大师即叫侍者倒水沐浴。第二天早上，大师披上太守所送的紫谱罗衣，去与太守诀别。当太守再次来到大师榻前时，大师对他说：「山僧行矣，多谢大护法盛心!」太守说：「大师法身无恙，不佞是地方守士，即是主人，一切都由不佞来护法。」大师听了微笑合掌称谢。到了中午，太守告辞下山，大师即叫侍者端淨水漱口，又对待者说：「今日乃截断葛藤。」又叫侍者端汤沐浴更衣。之后，又召集大众围绕念佛，佛声一停，大师对大众说：「你们不要惊惶，应当依佛制度，不得披麻服孝，勿得悲哭。你们要一心念佛!」
晚上申时，人天限目，三界导师端坐而逝了，这夜，大师身上的毫光照亮了天空，山中的众鸟发出悲鸣，缁素弟子的哀恸之声振憾着山谷。
大师圆寂后，面色依然加玉般的洁润，嘴唇依然还是那麽红泽，手足依然还是那麽柔软，就像平时入定一样。
大师弟子遣报太守，太守即差官临悼，替大师封龛。
这时少宰萧玄圃别大师还只五日，尚在雄州，听到大师逝世的消息，悲哀竟日。又听到大师临终的因缘，便又非常高兴他说：「大师是圣位中人，若非生死关头了彻，怎有这等自在!」立即撰写輓章遣悼。又捐资两百，写了一封信，嘱咐二太守替大师建造影堂。
在庐山五乳峰的弟子，听到大师逝世的消息，弟子福善等，立即赶到曹溪。在正月二十一日，扶大师灵龛归五乳，二月二十八日报庐山五乳峰法云寺。
